目前,分子动力学方法是研究耐药性产生机理的一种很有效可行的手段。Filibuvir是Pfizer公司于2009年发现的非核酸类抑制剂,它对于HCV NS5B RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)表现出良好的抑制效果,目前处于临床IIb研究阶段。为了解释Filibuvir耐药性产生的机理,我们采用分子动力学模拟,MM/PBSA自由能计算以及MM/GBSA自由能分解分析方法系统地分析了Filibuvir与野生型(WT)和突变型(V494I, V494A, M426A, M423T)NS5B RdRp(基因型为1)之间的相互作用,揭示了HCV NS5B聚合酶V494I, V494A, M426A, M423T突变导致Filibuvir耐药性产生的机制。该工作发表在国际期刊Antiviral Research上(http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0166354214003155)。
图 WT(a)和M426A(b)体系的cartoon模型。其中,WT和M426A体系分别显示为淡蓝色和淡粉色,
重要氨基酸残基显示为不同颜色的棍状模型,红色虚线代表两氨基酸残基之间的距离。